北京中医药大学中药学院创建于1958年，是全国最早成立的中药学院（系）之一，现有中药学和药学两个一级学科。中药学学科是首批一级学科国家级重点学科，是国家“211工程”与“985”优势学科平台重点建设项目，2017年和2021年连续两轮入选国家“双一流”建设学科名单，共涵盖中药资源学、中药鉴定学、中药炮制学、中药化学、中药分析学、中药药理学、中药药剂学、临床中药学、民族药学等9个二级学科。截至2017年9月，药理学与毒理学学科进入ESI前1%。近年来，中药学学科不断加强整合与交叉，推动新兴学科发展，创建了新兴交叉学科航天中医药学、中医药信息学和系统中药学。2012年航天中医药学和中医药信息学被确立为国家中医药管理局重点学科，2019年系统中药学获批北京高校高精尖学科。

　　中药学学科设有中药学、中药制药2个本科专业，均入选国家级一流本科专业建设点。在全国最早获批中药学硕士、博士学位授权点和博士后科研流动站，拥有中药学一级学科硕士、博士学术学位授权点和硕士专业学位授权点。药学学科设有药学1个本科专业，入选国家级一流本科专业建设点，拥有药学一级学科硕士学术学位授权点。