中药化学系由有机化学、中药化学和药物化学3个教研室组成，共有专职教师17名，其中教授（含研究员）9人、副教授（含副研究员5人）、讲师3人。

　　主要承担本科《有机化学》、《中药化学》、《中药制剂分析》、《中药分析》、《中药成分体内代谢与分析》、《天然药物化学》、《药物化学》、《新药设计学》、《中药文献检索》等课程的教学工作，其中《中药化学》为北京市精品课程，《中药化学》教学团队为北京中医药大学优秀教学团队。以中药化学系为主体，建设了国家中医药管理局“中药化学”重点学科，国家中医药管理局“中药经典名方有效物质发现重点研究室”、北京市教委“中药质量控制技术工程中心”和北京市“中药基础与中药新药重点实验室”，是中华中医药学会中药化学分会主任单位。